Les origines de la phytothérapie remontent à la plus haute Antiquité, puisqu’on a retrouvé une tablette d'argile datant de 3000 ans avant J.-C portant le premier texte connu sur les propriétés médicinales des plantes.
On sait ainsi que les Sumériens utilisaient déjà le myrte, le chanvre, le thym et le saule en décoctions filtrées.
Les civilisations de l'Égypte ancienne, les Grecs et les Romains se soignaient également avec des plantes.
En Europe, les plantes ont constitué l'essentiel de la pharmacopée jusqu'à la fin du XIXème siècle et n’ont été vraiment remplacées par les médicaments de synthèse qu’après la seconde guerre mondiale (il existaient près de 4 500 herboristes en France en 1941).